故事发生在日本的幕末时期，因「黑船」的到来而引发巨变动荡。在这混乱的时代，故事首先在横滨揭开序幕，接着发展到江户（今日的东京），最终聚焦于京都。这三座主要城市各自建构成独立的开放世界，通过次世代图像技术的细腻画质呈现，将西方文化与和风之美的非同质混合，描绘得淋漓尽致。
反幕府主角涉足的第一个主要城市就是横滨，在东西交汇的横滨关内地区，有各大横滨地标等着你去探索，像是美国领事馆、中国城、横滨迎宾馆、灯塔，甚至是妓院。游历于横滨郊外，你会发现自己置身东海道沿线的一系列旅馆小镇（东海道是日本当时最重要的道路，连接御所首都京都与德川幕府所在地江户）。
山下是关内东南方俯瞰大海的地区，涵盖下城，而山手则划有悬崖与上城。根据《美日贸易条约》内的规定，山下是各国士兵驻扎的外国人定居点。山下公园如今是热门的旅游景点之一，从 1923 年关东大地震后的瓦砾废墟中重建，于 1930 年才正式对外开放。
山下近照：山下公园于关东大地震后从瓦砾堆中重建，自1930年起对外开放，现今是旅游景点。
关内东南方的一个地区，在横滨港开放对外贸易后，人口大幅增加。在该地区的中国城内，游客会看到各式各样的小饰品出售，以及富有中国文化特色的独特建筑，比如宏伟的关帝庙，这是一座专门供奉中国古代英雄关羽的彩色华丽庙宇。现今的关帝庙已历经四次重建，期间曾在 1923 年的关东大地震和第二次世界大战等事件中多次遭到严重的毁损和破坏，至今仍是横滨中国城的中心地标。
元町近照：关帝陵是中国城的象征，曾因关东大地震和第二次世界大战几度消失匿迹，它的现代外观是第四次重建后的样貌。
江户是一座巨型城市，同时也是江户幕府的基地。麴町区是江户城外围负责守城的武士宅邸所在区域，你也可以逛逛浅草的町人区，探索浅草寺和吾妻桥；或是在日本桥区，走访著名的日本桥与成排林立的店家；另外还有文化区（如洗足区），让你感受一下昔日吉原妓院的热闹繁华。
市内独特的下町文化中心，坐落着吾妻桥与浅草寺等地标，经常是著名木版画中的主题。时至今日，此地繁荣依旧，是日本最热门的旅游景点之一。
浅草近照：浅草的热闹荣景一如既往，名列全日本最受欢迎的旅游景点之一。
这座桥建于 1603 年，也以此得名，是江户五街道的起点。基于这个原因，吸引了大量人口汇集，为江户的流行文化贡献良多。它是无数艺术作品的主题，其中最著名的大概就是歌川广重创作的木版画系列《东海道五十三次》。现今所见的日本桥仍是日本全国公路网的起点。
千年来，京都始终是日本首都的政治暨文化中心。御所区位于京都北边，曾爆发反抗德川幕府的叛乱，名为「金门事件」。西边是堀川区，这里的街道与二条城毗邻绵延，井然有序；壬生町是浪士组的总部「壬生寺」所在地点。东边有茶馆和商店林立的祇园区，以及清水寺与其他知名景点所在的东山区。不过，你也会注意到这座皇城的某些地区已因幕末时期以来的云力乱，失去了往日荣光，变得凄凉而荒废。
由天皇宫殿和地位崇高的贵族庄园组成的大片土地。除了个人起居室和寝宫，天皇的宫殿里还有华美的庭园与专门用于宗教仪式和学习的建筑。曾遭遇过几次祝融之灾，在幕府末期时重建，又持续使用了五百多年。现存的大部分建筑都是重建于 1855 年，至今仍保留皇居的原貌。
位于二条城以南、西本愿寺西北，中心矗立着隶属于律宗派佛教徒的壬生寺。 「壬生」一名可追溯至数百年前，当时有不同的拼法，意为「湿地」。壬生寺曾是新选组成员的训练场，如今庙宇的院落内矗立着局长近藤勇的铜像和一座塔供奉着他头发，以及军团士兵的墓地。
壬生町近照：壬生寺曾是新选组士兵的训练场，现今这里除了士兵们的坟墓，还有新选组局长近藤勇的半身雕像。 (*)
除了在城市间和周围奔跑、游泳穿越河流及海洋，你还可以利用钩绳进行垂直移动、骑马或展开滑翔翼惊险刺激地穿梭于各地，探索幕末日本的广大开放世界。
将钩绳抛向锁定点，就可以快速上升穿越。除了能让你移动到更高的场地，还可以在战斗场景中用来抓住敌人。
当你吹响「唤马哨」，便可召来一匹马；与奔跑相比，这能让你更快速有效率地前往遥远的目的地。随着游戏的推进，你还可以取得额外的骑马装备和更包罗万象的精良马匹。
获得滑翔翼之后，在从高处落下时就能将它展开，在空中滑翔。只要保持一定的角度，就可以飞行很远的距离。想从高空潜入敌方领地而不被发现，也能利用滑翔翼。
滑翔翼的设计是以国友一贯斋的阿鼻机蓝图为原型。国友是江户时代后期的发明家兼枪匠，以制造出日本最早的反射望远镜而闻名。他发明的阿鼻机也被认为是日本最古老的飞机蓝图。
快速旅行点（或称隐刀旗）散布于各地，你可以从一处隐刀旗瞬间移动到另一处已解锁的旗点。这些旗点不仅能让你通过接触来补充消耗品，还可以在任务期间更新队友和装备。它也可以作为其他玩家加入线上多人游戏的入口。
在穿越辽阔的世界时，你会遇到当地人，经历各种事件，并从具有挑战性的活动中收集战利品。
